นโยบายการก่อตั้ง กระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ ได้ริเริ่มจาก หลวงวิจิตรวาทการ อดีตปลัดบัญชาการสำนักนายกรัฐมนตรี ได้เสนอแนวนโยบายนี้ให้กับ จอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์[2] ต่อมาเมื่อ เกิดการรัฐประหาร ในปี 2501 ก็ได้มีการหารือกับส่วนราชการการต่างๆ ก่อนที่จะมีการจัดตั้ง คณะกรรมการพิเศษพิจารณาการจัดตั้ง กระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ ในปี 2504 โดยมี พลเอก ประภาส จารุเสถียร เป็นประธานกรรมการ โดยให้กระทรวงมีหน้าที่หลัก ในการพัฒนาท้องถิ่น รวมไปถึง การพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานของชาติ ทั้งพลังงาน ทางหลวง การพัฒนาที่ดินและทรัพยากรธรณี และ การสหกรณ์

ต่อมาได้มีการศึกษาเพิ่มเติม โดยให้ สิริ ปกาศิต รองผู้อำนวยการสำนักงบประมาณ (ในขณะนั้น) ไปทำการศึกษาเพิ่มเติม[2] และมีข้อสรุป เมื่อวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2506 ว่าให้มีการจัดรูปแบบกระทรวง โดยมีมติอนุมัติร่างจัดตั้งกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ เพื่อเสนอเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรี ในการปรับปรุง พระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม ต่อสภาร่างรัฐธรรมนูญ ซึ่งทำหน้าที่เป็นรัฐสภาในเวลานั้น เมื่อวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2506

ต่อมาเมื่อคณะกรรมธิการฯ ได้พิจารณาแล้วเสร็จ จึงได้เสนอผลการพิจารณาร่างพระราชบัญญัติ เข้าที่ประชุมสภาร่างรัฐธรรมนูญ และได้รับความเห็นชอบทั้งหมด เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2506

ต่อมาในวันที่ 22 พฤษภาคม 2506 ราชกิจจานุเบกษา ได้เผยแพร่ พระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2506[1] พระราชบัญญัติโอนกิจการบริหารของ กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2506[3] และ พระราชบัญญัติจัดระเบียบราชการสำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. 2506 และมีผลบังคับใช้ เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม พ.ศ. 2506 ซึ่งเป็นการก่อตั้ง กระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ

ต่อมาเมื่อ มีการปรับปรุงการทรวงใหม่ คณะปฏิวัติ โดย จอมพลถนอม กิตติขจร ได้ออกประกาศของคณะปฏิวัติ โดยให้ยุบเลิกกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ โดยประกาศลงในราชกิจจานุเบกษา ในประกาศของคณะปฎิวัติ ฉบับที่ 217 ลงวันที่ 29 กันยายน 2515[4] พร้อมกับประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 216[5]

ปัจจุบันอาคารสำนักงานของกระทรวง เป็นที่ตั้งหลักของสำนักงานการปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม